免疫功能低下会引起常见的系统和循环的疾病，包括呼吸系统、消化系统、泌尿系统、神经系统、循环系统，都有可能在免疫功能低下时诱发。
另外，部分不常见的疾病也有可能在免疫功能低下时出现，如患者有可能出现肿瘤，如卡波西肉瘤。部分血液系统的疾病或者罕见病，如淋巴瘤，也有可能在免疫功能低下时诱发。
对于常见的免疫功能低下引发的疾病，最常见的有呼吸道疾病，包括上呼吸道感染、普通感冒、扁桃体炎、咽炎、肺感染、肺炎。通常在免疫功能薄弱和减退的情况中，患者容易被病毒、细菌、非典型病原体或病原微生物侵袭和感染，容易罹患上述的感染性质的情况和疾病。
另外，免疫功能低下的人群还容易患有结缔组织疾病、结核病等情况，如常见的肺结核、肠结核。或者患者容易发生消化系统疾病，包括急性胃肠炎等。泌尿系统疾病，如常见的肾盂肾炎、急性肾小球肾炎，也容易在免疫低下时出现。
